A geninek (alacsony rangú nindzsa) a legalacsonyabb szintű nindzsák és köztük áll fenn a legnagyobb különbség az erejükben. Genin szinten lépnek be a nindzsák a falujuk gazdasági körforgásába – feladatokat kapnak, amik teljesítéséért a falu pénzt kap. Általában D-rangú (legkönnyebb) küldetéseket kapnak, amelyek teljesen rizikómentes munkák, vagy nagyon ritkán C-rangú feladatokat, melyek már egy kicsit jobban hasonlítanak egy nindzsának való feladatra – azonban még itt is elég kicsi a valószínűsége a nagyobb veszélynek, mivel a csapatot szinte mindig kíséri a jounin rangú mesterük is. Köszönhetően annak, hogy Konohat megtámadta az Otogakure és a Sunagakure, hiány lépett fel a magasabb rangú nindzsákban, ezért egy-egy magasabb rangú missziót is a geninekre biztak. A geninek 4 fős csoportokban dolgoznak, melyek 3 geninből és egy jouninből állnak. A cél, hogy csapatmunkát tanuljanak, és sok tapasztalatot szerezzenek, mindezt egy elit harcos felügyelete és védelme alatt. A csapatok összetétele az egyes geninek képességeinek figyelembevételével történik és próbálják a csapatok közti egyensúlyt is fenntartani. Például Uzumaki Naruto, aki a legrosszabb jegyekkel rendelkezett, egy csapatba került Uchiha Sasukeval és Haruno Sakuraval, akik a legjobb eredményeket érték el. A csapatok általában egy lány és két fiú tagból tevődnek össze, de vannak kivételek is. A 4 fős csapatok általában specializálódnak egy-egy képességre, például a Kurenai csapat (Inuzuka Kiba, Hyuuga Hinata és Aburame Sino) túlélésre és nyomkövetésre, a Guy csapat (Hyuuga Neji, Rock Lee és Tenten) pedig taijutsura és fegyveres harcra. Az egymást kiegészítő képességek is befolyásolják a csapatok kialakítását, vegyük például az Aszuma csapatot (Akimichi Chouji, Nara Shikamaru és Yamanaka Ino), ahol mindenkinek olyan képessége van, ami a másik két tag képességeit támogatja.