Az S-osztályba tartozó nindzsák sokkal nagyobb hatalommal rendelkeznek, mint egy jounin és szinte legendákká váltak. Az S-osztály tagjai hivatalosan jounin rangúak, néha azonban lehet, hogy ennél alacsonyabb a hivatalos rangjuk vagy egyáltalán nincs is rangjuk. Ezek a nindzsák vagy a falujukban maradnak, vagy pedig vándorló nindzsák lesznek, akik továbbra is lojálisak a falujuk iránt (például Jiraiya). Sok nindzsa ezen a szinten úgy dönt, hogy a saját feje után megy, elhagyják a falujuk és Elveszett nindzsák lesznek. Az Akatsuki tagjai is mind ilyen nindzsák. Az S-osztály tagjai mind szerepelnek a Bingó könyvben. Még a magas rangú nindzsák is inkább menekülnek, minthogy harcoljanak egy S-osztálybeli harcossal. Az S-osztály tagjai nagyon híresek, gyakran becenéven ismertek, amiket szövetségeseik vagy ellenségeik ragasztottak rájuk.