A konohai ANBU általában közvetlenül a Hokage irányítása alatt áll, ám sok évvel a Naruto cselekményének kezdete előtt létezett egy ANBU Gyakorló Részleg, melyet Gyökér (根) néven ismertek és amit Danzo állított fel és ellenőrzött. Mivel Danzo a háború híve, és ellenszegült a Harmadik Hokage-nak, ezért a Gyökeret megszüntették, ám sok egykori tagja lojális maradt a Gyökérhez; közölük egy Sai aki Naruto csoporttársa lett Sasuke távozása után. Napvilágra került, hogy Danzo és a Gyökér tervezi Konoha elpusztítását abban a formájában, ahogyan ma létezik és ezért együttműködési lehetőséget keres Orochimaruval. Sai eredeti küldetése abban állt, hogy beszivárogjon Orochimaru szervezetébe és megölje Sasukét, arra a lehetőségre készülve, hogy Konoha elpusztítása után Orochimaru esetleg megtámadja Danzot. Ám Sai eltért ettől az utasítástól, amikor látta a kapcsot Naruto és Sasuke között és e kapcsolat megvédésének a szükségességét.