Amikor megszületett a sorozat kezdése előtt 12 évvel egy kilencfarkú róka démon-t, név szerint Kyuubi-t zárt belé az akkori "Negyedik Hokage", hogy megmeneküljön a falú. A Negyedik Hokage-t hősként tartották, aki azt szerette volna, hogy Naruto-ra úgy nézzenek fel, :mint a gonosz Kyuubi fogva tartója és a másik hős.

De az emberek azt gondolták, hogy Naruto maga a gonosz kilencfarkú róka démon, és ezért gyűlőlték és kiközösítették. És hiába parancsolta meg a Harmadik Hokage, Sarutobi, hogy tilos az akkori történtekről beszélni, a felnőttek gyűlölete még a gyerekeikre is kihatott. Sőt, még ha valamelyik vele egykorú gyermek, mint Kiba, Shikamaru és Choji akár csak játszani mert vele, a szüleik azzonal elvitték őket előle. És mivel Naruto-nak valami ismeretlen ok miatt (mert ez nem derűl ki) nem voltak szülei és testvérei, egyedül élt. De voltak, akik még így is elfogadták őt: Iruka, Naruto tanára, a Harmadik Hokage és Sasuke Uchiha, akivel még nagyon fiatalon találkozott.

A ninja akadémián háromszor bukott meg zsinórban, mert nem tudta használni a Clone Jutsu-t, ezért nagyon szomorú lett.Ekkor egy Mizuki nevű ember mondott neki egy hazugságot, hogy átmehet a vizsgán, ha ellopja a Tiltott Tekercset, amit még körübelül 100 éve az Első Hokage írt, és meg tanul belőle egy jutsu-t. Iruka megtalálja Naruto-t, és kiderül, hogy Mizuki a tekercset akarta. Ám, hogy fokozza Mizuki a helyzetett, elmondta Naruto-nak a tiltott titkot, amit tilos volt kimondani: "Soha senki nem mondhatja ki azt, hogy Naruto a gonosz kilencfarkú róka". Azt is elmondja, hogy "miatta" haltak meg Iruka sensei szülei és hogy ezért került árvaházba. Kiderül viszont, hogy Iruka nem gyűlölte Naruto-t, sőt, büszke volt rá, hogy másokkal ellentétben ő soha semmit nem ad fel. Ezt Naruto meghallván elintézte Mizuki-t a Multiple Shadow Clone Jutsu-val, egy jutsu-val, amit a tekercsből tanult meg. Ezután Iruka hálából ninja Genin-t csinált Narut-ból.

Amikor Genin lett, egy csoportba került Sakura Haruno-val és Sasuke Uchiha-val. A csapat mestere Kakahsi Hatake lett, aki a csapat munkát tanította neki.

Amikor egy küldetést kapott a csapat a Hullámok Országába, akkor kezdett el igazán egységes lenni a csapat.Itt  Haku /Zabuza embere/halálosan lesebesítette Sasuke-t, aki addigra már riválisa és barátja is lett Narutonak, feltámadt benne Kyuubi, a kilencfarkú róka démon ereje, és egy csapásra legyőzte Haku-t.

Amikor elkezdődött a Chuunin vizsga, Naruto sok ninja támadást eltanult: Uzumaki Naruto Combo, Summoning Jutsu, Uzumaki Naruto 2000 Combo és Transformtation Jutsu. Itt találkozott Gaara-val, akinek hasonlóan szomorú sorsa volt, mert amikor megszületett, belé zárták az egyfarkú démont, és tőle még az apja is annyira félt, hogy sokszor megpróbálta megölni. Vele a Konoha elleni invázió alatt küzd meg, és alapjából ő nyert. Ekkor Gaara elhatározza, hogy olyan akar lenni, mint Naruto.

Ám barátja, Sasuke, aki bosszút akart álni a bátyjan, amiért elpusztította a szüleiket és a klánját, elhatározta, hogy a gonosz Orochimaru-hoz megy, nem érdekelve, hogy elemészti őt Orochimaru. Ekkor megküzdenek egymással, de Sasuke nyert. Naruto visszont megigéri, hogy amint befejezte az edzést Jiariya-val, visszahozza Sasuke-t.

Shippuden Történet

Amikor három év múlva visszatért Konoha-ba, találkozik Sakura-val. Kiderül, hogy a többiek letették a Chuunin vizsgát. De ami meglepte, hogy Gaara-ból Kage lett. Ekkor elhatározta, hogy eredeti célja mellet még jobban fog edzeni. Amikor Gaara-t kellet megmenteni, akkor Deidara-val, az Akatsuki egyik tagjával küzdött meg. Az Akatsuki egy szervezett gonosz elit ninja-ból, akik a Kyuubi-hoz hasonló démonokkal uralni akarják a földet.

Gaara megmentése után csatlakozik hozzá és Sakura-hoz Sai, egy ANBU, akinek célja Sasuke megölése volt, de Naruto annyira hatott rá, hogy végül ő is segíteni akart, amikor megtalálták Sasuke-t.

Amikor kiderült, hogy Sasuke megölte Orochimaru-t, létre jött egy nyolc fős csapat, akiknek céljuk, megkeresni Itachi-t, Sasuke bátyját és vele elcsalni Sasuke-t Konoha-ba. Most jelenleg ott tart a manga, hogy lehetséges, hogy Naruto megküzd Itachi-val.